Muito depois de concluída a mencionada Capela, querendo os Religiosos Franciscanos auxiliar a nossa Ordem, venderam a esta em Janeiro de 1653, mediante a esmola de 50$000 para o Convento, os terrenos do morro fronteiro a Carioca, seguindo a direção da dita Capela, com águas vertentes para o largo, e para a Rua do Piolho, hoje da Carioca, a fim de edificar-se a nova Igreja, suas dependências e Hospital.

Presume-se que estes terrenos chegavam até a antiga rua do Parto, hoje de S. José, visto que parte do chão da ultima casa dessa rua n. 121, é foreira a Ordem, sendo tradicional que o terreno da casa contigua, onde está o corpo da guarda, e bem assim o do chafariz e parte do Largo da Carioca, também pertenceram á Ordem, tendo sido, sem duvida, tomados pelo Governo para logradouro publico quando, aproximadamente em 1750, ali se edificou o primeiro chafariz, que mais tarde foi substituído pelo que atualmente existe.

Conhecendo-se, depois, de muitos anos, que os Religiosos nada podiam vender, foi aquela transação legalizada não como venda, mas como doação que o Convento fazia á Ordem Terceira da Penitencia, como consta da escritura publica de 18 de Março de 1741.

No dito ano de 1653, depois de efetuada a referida compra, principiaram-se as obras da Igreja que perseguirão muito vagarosamente, pois vemos que em 1701 apenas havia pronta a Capela Mór, tendo-se pedido permissão ao Revm. Provincial para ali se colocar um Púlpito volante, podendo depreender-se que alguns atos religiosos ali se praticaram então.

Em 20 de Agosto de 1715, lançou-se a primeira pedra para alicerce do grande paredão que circunda a Igreja, não se sabendo em quantos anos se concluiu, constando, porém, que na sua construção, gastaram-se cerca de sessenta mil cruzados (24:000$000.)

Tendo-se arruinado a parede do lado esquerdo da Igreja, foi reconstruída pelo mestre Paulo Ribeiro em 1714, pagando-se 5$000 por braça quadrada de parede.

Em 1716 interromperam-se todas as obras por muitos anos, por estarem em desarmonia as Administrações da Ordem com os Religiosos do Convento, cujas questões e suas minuciosidades nada têm que ver com este trabalho. Devemos, porém, dizer que chegaram elas a tal ponto que em 5 de Agosto de 1720 , sendo Ministro o Irmão Francisco de Seixas da Fonseca, a Administração, deixando a Capela e obras, e conduzindo Imagens e alfaias, foi estabelecer-se no Hospício, que o referido Ministro tinha mandado edificar na rua do mesmo nome , em terrenos que a Ordem comprara em 6 de Dezembro de 1719 a João Machado Pereira, por três mil cruzados.

Ali, autorizada por Alvará Régio de 12 de Março do dito ano, continuaram a celebrar-se as festividades e as eleições (apesar das que outros fizeram no Convento em 1720 a 1724), até que por ordem Regia de 25 de Maio de 1725 se ordenou que os Religiosos não se intrometessem nas temporalidades que pertenciam á Ordem , e que os Irmãos desta voltassem a tomar conta da Capela, junto ao Convento, o que se efetuou em 4 de Setembro do mesmo ano , fazendo-se em seguida nova eleição em 17 do dito mês, sendo eleito Ministro o Padre Bartholomeu da França.

A perfeita harmonia, porém, entre a Ordem e os Religiosos, só se restabeleceu em 1732.

O Hospício fora cedido em Janeiro de 1729 á Irmandade de Nossa Senhora da Conceição dos Homens Pardos, por 3:16$000, e pertence hoje á Venerável Ordem Terceira de Nossa Senhora da Conceição e Boa-Morte. Para se fazer ideia dos apuros em que se viu a Ordem, durante o tempo a que acima nos referimos, basta dizer-se que a sua Receita em 1721 foi de 357$110 ; em 1722, 604$560, entrando 100$ de legado e 300$ de testamentaria ; em 1723, 632$140, entrando 400$ de legado, aumentando dali em diante , segundo se vê do Livro de Receita , de 1721 a 1761. As Administrações se viram na necessidade de se cotizar para acudirem ás despesas urgentes da Ordem!

É verdade que o legado do Benfeitor Revd. Dr. Francisco da Motta veio mudar o estado precário da Ordem, mas só muitos anos depois é que ela pôde tirar resultado de tão avultada deixa, pela dificuldade de satisfazer os encargos que lhe ficaram, e a reedificarão do Trapiche e da Capela, para o que foi necessário contrair grandes empenhos pelo credito de seus Administradores.

Serenados, pois, os ânimos, prosseguirão as obras da Igreja, fazendo-se contrato em 12 de Novembro de 1732 com Caetano da Costa Coelho para pintura da Capella-Mór e corpo da Igreja, e também para douramento da dita Capella-Mór, pelo que recebeu 6:100$000, em 27 de Janeiro de 1737.

Em 13 de Março de 1733 continuaram-se as paredes dos vãos dos altares e das tribunas á razão de 7$ a braça, pagos ao mestre pedreiro Antonio João de Oliveira. Em 1740 achava-se concluída a abra de talha da Igreja menos a dos altares.

Por vezes se remeteram diversas quantias para Lisboa, a fim de comprar-se ouro e materiais para a Igreja, e alguns objetos para a Procissão de Cinza.

Pela Resolução de 8 de Novembro de 1740, deliberou-se que o douramento da Igreja fosse feito sob a direção da Mesa, e que para não aumentar a despesa da Ordem, se abrissem subscrições entre os Irmãos, ficando isentos de servir o cargo de Sacristão e aptos para os outros cargos, os Irmãos que concorressem com 50$000 de esmola, pelo que contribuíram muitos com a dita quantia.

É de se crer que a Igreja ficasse quase pronta por ocasião de principiar-se a obra do Hospital, em 1748, apesar de que no seu frontispício acham-se as datas 1619, que é a da instalação da Ordem, e 1758 que parece ser a da conclusão do Edifício, ao menos no seu exterior.

O Irmão Ministro Jubilado Comendador Manoel José Gonçalves Machado Junior, diz no seu Relatório de 1861, que a Igreja ficou de todo concluída em 1772. O mesmo dizem os Srs. Dr. Moreira de Azevedo no seu Pequeno Panorama, e Dr. Mello Moraes na sua Chorographia Brasileira.

Não nos foi possível conhecer a importância do seu custo, por faltarem para isso os dados precisos; o que, porém se pode afirmar é que a sua ornamentação presidiram o gosto, a perfeição e a riqueza, pois que passado quase século e meio ainda nela se admiram as belas obras de talha, e douramento, e as magníficas pinturas que representam a vida do glorioso Patriarca, e que, segundo o Sr. Dr. Moreira de Azevedo, foram feitas pelo artista nacional José de Oliveira. No chão da Capela-Mór, vê-se ainda o grande carneiro onde se sepultavam os Irmãos Ministros que faleciam no exercício do cargo. Além do altar-mor, com as Imagens da Impressão das Chagas, a de Nossa Senhora da Conceição, Padroeira da Ordem, tendo aos lados Santa Rosa de Viterbo, Padroeira do Noviciado, e Santa Izabel, existem mais seis altares laterais com Santa Maria Magdalena, S. Roque, S. Ivo, Nossa Senhora das Dores, S. Gonçalo d’Amarante e S. Vicente Ferrer.

Não tem a Igreja torres nem sinos, porque a isto sempre se opuseram os Religiosos, mas a Ordem impetrando da Santa Sé, em 1799, a concessão de ter Sacrário na Capela do Hospital, pediu também a permissão de ter os sinos, o que lhe foi concedido em 1805. Os Religiosos, porém, combinaram com a Administração que cederiam os sinos da sua Igreja para todos os atos da Ordem, obrigando-se esta a fazer nos sinos os concertos necessários.

A Igreja pertence á Repartição do Síndico, cujo cargo é na atualidade exercido pelo Irmão Comendador José da Silva e Souza.

Em 1851, os Religiosos cederam mais 30 palmos de terreno no fundo da Igreja, pelo que a Ordem lhes fez donativo de 1:000$000. Tinham também cedido em 1743, 30 palmos e mais 10 em 1749.

Mede a Igreja 122 palmos de comprido, 22 de largo na Capela-Mór, e 36 1/2 no corpo da Igreja. No exterior tem a frente 117 palmos de largura.

Fonte: Venerável Ordem Terceira da Penitência – Resumo Histórico/ Tombo Geral. 1881