Ao fundo da Igreja, passando o pátio, encontramos a Capela Mortuária e as antigas Catacumbas, começadas em 1814 e terminadas, com limitação do primeiro risco, em 1827, tendo-se despendido ali então mais de 30:000$000.

Em 1840, por causa da mudança das sepulturas da Igreja, foram aumentados os carneiros, gastando-se 2:200$000.

Em 1841 e 1842, a importância gasta com as Catacumbas subiu a 25:158$42, e em 1844, a 13:607$073, que, com o despendido antes, e com 21:529$979, custo da Capela , eleva toda a despesa, hoje inutilizada, a 92:495:$894.

É de notar que tendo representado os Religiosos contra a construção das Catacumbas em 1814, foi ela embargada por Alvará de 14 de Julho do dito ano, sendo caçado o embargo por ordem do Sr. D. Pedro I, em 1824, prosseguindo então as obras.

Além das Catacumbas, passando a Capela, ainda existe um pequeno Cemitério com 12 mausoléus de mármore onde se leem ainda os respectivos epitáfios.

Se algum dia a Ordem quiser ou tiver a necessidade de demolir estas obras, atualmente sem préstimo, para aproveitar os terrenos, achará neles suficiente espaço para alguma edificação útil.

Fonte: Venerável Ordem Terceira da Penitência – Resumo Histórico/ Tombo Geral. 1881